一、在选拔定位上有区别
“强基计划”主要选拔有志于服务国家重大战略需求且综合素质优秀或基础学科拔尖的学生。而自主招生是选拔具有学科特长和创新潜质的优秀学生。
二、学校范围不同
“强基计划”起步阶段，在部分“一流大学”建设高校范围内开展试点（A类36所）。自主招生是90所（部属高校77所，省属高校13所）。
三、招生专业
“强基计划”是要突出基础学科的支撑引领作用，重点在数学、物理、化学、生物及历史、哲学、古文字学等相关专业安排招生。而自主招生未限定高校招生专业范围。
四、高校考核依据
“强基计划”是高校根据考生高考成绩，极少数在相关学科领域具有突出才能和表现的考生，有关高校可指定破格入围高校考核的条件和办法。而自主招生的入围依据主要是考生的申请材料。
五、录取方式
“强基计划”：高校安排分省计划，将考生高考成绩（不低于85%）、高校综合考核结果和综合素质评价等折算成综合成绩，从高到低顺序录取，体现对学生更加全面的考查。
自主招生：采取降分录取的方式，最低可降至一本线。
六、培养模式
“强基计划”：录取的学生强实行小班化、导师制，并探索本——硕——博衔接的培养模式。
自主招生：培养模式一般与通过统一高考录取学生无区别。
根据教育部发布的相关文件可知，国家目前十分缺乏基础学科科研人才，所以强基计划目前的主要招收专业是基础学科专业，以及部分国家安全领域相关的学科专业。
基础学科专业包括数学、物理学、生物学、历史学、古文字学等专业。
