主要区别如下：
区别1：录取时间
强基计划：各大高校一般为8月5日前；
高考成绩录取：在强基计划录取结束之后开始，且分提前批和普通批等批次进行。
区别2：录取依据
强基计划：高考成绩、校考成绩（含综合素质考核）；
高考成绩录取：高考成绩。
区别3：录取院校
强基计划：全国36所强基计划试点高校；
高考成绩录取：几乎为全国所有高校。
区别4：录取对象
强基计划：有志于服务国家重大战略需求的优秀学生；
高考成绩录取：各类学生。
区别5：录取专业
强基计划：一般为哲学、汉语言文学（古文字学方向）、历史学、数学类、物理学类、化学类、生物类等基础学科专业，且普遍为学校偏冷门专业。
高考成绩录取：所有学科专业。
区别6：志愿个数
强基计划：不同院校一般不一样，有限报1个专业组（如：北大）的，也有限报1个专业（如：兰大）的，或者限报3个专业（如：南大）等；
高考成绩录取：各省份不尽相同，目前很多地方的平行志愿一个学校志愿下设置有6个专业志愿。
1.很大程度上提升了公平性
强基计划中的高考成绩占综合成绩的85%以上就很大程度上保证了公平性。高考成绩是参加强基计划的入场券，并且高校考核过程是实行全程录像录音的，拥有完善的监督举报机制，全程实行公开透明化。
2.给了普通学生机会更多
据统计，清北自主招生进去的人数占总人数的70%，只有30%的人是通过裸分进去，所以录取分数线非常的高，基本上是省里前100才有戏。现在自主招生取消，强基计划实行，参与强基机计划的院校规模缩小，普通学生就有更多机会进去。
3.前程无忧
国家为强基计划的学生安排的道路是科研精英方向，这些同学只需要顺着国家安排的道路走下去，日后估计也是从事各类科研机构，为国家科研事业做贡献。
4.有破格录取的可能
原自主招生计划中，录取的分数不可低于一本线，假设没有过一本线还在竞赛中拿了奖，也会与进入双一流高校说拜拜。但是“强基计划”就避免了这一局面，并且国家队、金牌之类的也有可能有机会通过“强基计划”进入较好的高校。
5.对于基础专业的扶持
强基计划重点在数学、物理、化学、生物及历史、哲学、古文学等相关专业进行招生，这些都属于基础但不热门的专业，这对基础专业的发展和喜欢这些专业的同学都是有利的。
北京大学、中国人民大学、清华大学、北京航空航天大学、北京理工大学、中国农业大学、北京师范大学、中央民族大学、南开大学、天津大学、大连理工大学、吉林大学、哈尔滨工业大学、复旦大学、同济大学、上海交通大学、华东师范大学、南京大学、东南大学、浙江大学、中国科学技术大学、厦门大学、山东大学、中国海洋大学、武汉大学、华中科技大学、中南大学、中山大学、华南理工大学、四川大学、重庆大学、电子科技大学、西安交通大学、西北工业大学、兰州大学、国防科技大学
