自1988年开始招收培养军事学硕士学位研究生。现有军事思想、兵种战术学、作战指挥学、军事运筹学、军事训练学和军队政治工作学6个硕士点，是全军首批军事硕士专业学位研究生培养试点单位，从2013年开始，招收全日制专业学位研究生（颁发毕业证、学位证）。兵种战术学和作战指挥学为军队“2110工程”重点建设学科专业领域。全军军事心理训练中心在学院设立。
学院拥有一支教风严谨、教学工地深厚、结构合理的师资队伍，一批学术造诣较深的正副教授、高级工程师担任硕士、博士研究生导师，几十名教师被评为全国优秀教师和全军优秀教员。经过长期教学实践和改革，形成了计算机科学、建筑设计、道路桥梁、工程机械、防水工程、爆破工程、工程兵战术、工程兵指挥、战役战术工程保障和军队政治工作为主要内容的教学体系。
中国人民解放军工程兵学院的前身是一九四六在吉林通化成立的我军第一所工程兵学校--东北民主联军工兵学校。
一九四九年随军南下,迁至湖南长沙.先后更名为中南军区工兵学校、高级工程兵学校、工程兵学院。
一九七四年迁至江苏徐州。
一九八六年改称工程兵指挥学院。 周恩来、朱德、徐向前、聂荣臻等党和国家*、老一辈无产阶级革命家十分关心学院的建设和发展，为学院作过重要指示和题词，张震、迟浩田、傅全有、王克等军委领导曾先后来院视察。 五十多年来，学院坚持"从严、勤奋、求实、创新"的校风和"严谨治学、严以施教、严于律己"的校风，为争夺战争的胜利，为军队的正规化和现代化建设，培养了大量工程兵部队中、初级指挥军官，为一大批国家重点工程及地方经济建设输送了五千多名专业技术人才。
2017年6月，由原解放军理工大学、军械工程学院、工程兵学院、重庆通信学院、武汉军械士官学校等5所院校合并组建中国人民解放军陆军工程大学。
