云南省共有9所三本大学参与了2016云南三本大学排名，其中排名第一的是云南师范大学商学院，排名第二的是云南大学滇池学院，排名第三的是云南大学旅游文化学院，排名前10的大学还有云南师范大学文理学院、昆明理工大学津桥学院、云南工商学院、昆明医科大学海源学院、云南经济管理学院、云南艺术学院文华学院，以下是云南三本大学排名2016具体榜单：
| 云南三本大学排名 | 全国排名 | 学校名称 | 学校类型 |
| 1 | 715 | 云南师范大学商学院 | 财经 |
| 2 | 755 | 云南大学滇池学院 | 综合 |
| 3 | 805 | 云南大学旅游文化学院 | 综合 |
| 4 | 813 | 云南师范大学文理学院 | 综合 |
| 5 | 848 | 昆明理工大学津桥学院 | 综合 |
| 6 | 928 | 云南工商学院 | 综合 |
| 7 | 1031 | 昆明医科大学海源学院 | 医药 |
| 8 | 1061 | 云南经济管理学院 | 财经 |
| 9 | 1068 | 云南艺术学院文华学院 | 艺术 |
