民办本科与公办本科在经费来源、生源选择和学费标准、教学方向、含金量、学校氛围以及录取分数线、师资力量等方面有区别。
1、经费来源不同：民办大学一般由非地方或者中央政府投资，全部或者部分的依靠学生的学费来维持大学的经营而非公共资金，而公办大学是国家组建的大学，国家提供部分资金建立，经费全部来自国家拨款。
2、生源选择和学费标准不同：民办大学的学费比公立大学的高，校方有权自主选择生源，而公办大学的学费以国家规定为准，相比民办大学较低。
3、教学方向不同：民办大学依托市场生存,设立课程面对市场需求,而公半大学承担国家高等教育的使命,偏重基础学科的研究和教学。
4.含金量
虽说是二本院校，但由于生源、师资、学校等因素，目前很多社会中的企业并不是十分认可民办院校的毕业生，总认为民办院校的学生不如公办院校。但实际上，民办院校一些专业可能会更突出一些，并且民办院校由由企业出资，所以有时会有很多活动资源可以让同学们去参加或锻炼，可见并非民办高校毕业的同学能力更弱。
5.学校氛围
通常情况下，由于民办大学的录取分数较低，所以生源的学习水平比较一般，加之上了大学后，很多同学开始贪图玩乐，疏于学习，所以学习氛围相对较弱一些。不过，这也只是一个平均水平，无论是哪个学校，都有喜欢且擅长学习的同学，只要自己保持学习的积极性，足够勤奋、自律，无论是公办还是民办，都能在大学毕业时由一个不错的成绩。
6.录取分数线
就录取方面而言，民办院校的分数会更低一些。大家在填报志愿时就已经知道，高校分别属于不同的批次，提前批、本科一批、本科二批，而本科二批当中还会分A、B、C三类，大部分公办院校属于靠前的批次，而许多民办院校属于二批C类，所以在录取时，批次靠前的学校，录取分数通常会更高一些。
7.师资力量
通常情况下，民办高校的师资力量会弱一些，但并不意味着老师不好。公办大学的老师通常都有十分丰富的经验，在招聘时对应聘者的要求较高，并且会由教育部、教育局不定期的调动优秀的教师到各个高校教学，师资力量更为雄厚一些。而民办大学的老师大多为合同制，流动性较大，工作并不稳定，不过正是由于民办高校的企业性质，老师的绩效与工作息息相关。
大多数民办学校的资源没有公办的好，比如教师水平，图书馆藏书量等。而且民办高校需要自己出钱，学费稍微高一点。还有就是等你毕业后找工作稍微比公办学校的困难一点，因为民办高校在中国的口碑不算很好。很多公司都不认你的学历，考公务员的时候要更难一点，但不可否认的是某些民办的高校会比公办三本和大专好一些也有可能。
一般来说，大多数选择民办高校的学生都是因为高考成绩在本科线边缘，为了稳妥一些就选择了民办高校。但是不一定所有的学生都能负担得起民办高校高昂的学费的，四年民办高校的学费会比普通公办高校多花10万元左右，所以如果大家能选择公办高校的情况下一定要优先考虑公办高校。
虽然说公办和民办高校都是国家承认的高等学府，在奖助学金等的评奖、评优政策上也是一致的，但是相比起公办高校来说，可能公办高校的学习氛围和学术环境会更好一些，公办高校也会更加偏向于教学质量的管理。
此外，在社会认可度上民办大学是不及公办大学的，但是这个事情也不能一概而论，就现在的发展情况来看，公办大学和民办大学的差别也正在逐步缩小。
具体怎么选择，如果你的家庭经济条件允许并且民办高校有你想学的专业，或者说你的成绩就在二本线边缘徘徊，不报民办高校滑档到专科院校的可能性很大，那就优先选择民办高校。
如果你的成绩还是可以选择一个公办高校的，那就尽量选择一个公办高校，大家如果能上本科就一定优先选择本科，不要现在就想着将来自己再去参加专升本考试，国家统招专升本和普通本科还是有一定的区别，所以大家尽量一步到位。
