云南省共有7所三本批次招生的大学参与了2016云南三本大学排名理科，其中排名第一的是昆明医科大学海源学院，排名第二的是云南大学滇池学院，排名第三的是云南师范大学商学院。
以下是云南三本大学排名理科2016具体榜单，根据2015年理科三本录取平均分排名。
| 云南三本大学排名 | 学校名称 | 录取线差 | 省市分数线 | 录取平均分 |
| 1 | 昆明医科大学海源学院 | 35 | 380(第三批) | 415 |
| 2 | 云南大学滇池学院 | 32 | 380(第三批) | 412 |
| 3 | 云南师范大学商学院 | 25 | 380(第三批) | 405 |
| 4 | 云南艺术学院文华学院 | 13 | 380(第三批) | 393 |
| 5 | 云南经济管理学院 | 12 | 380(第三批) | 392 |
| 6 | 云南大学旅游文化学院 | 11 | 380(第三批) | 391 |
| 7 | 云南工商学院 | 11 | 380(第三批) | 391 |
