若按校友会版独立学院排行榜看，南通大学杏林学院2019年全国排名第142位；2018年全国排名第140位；2017年全国排名第127位；2016年全国排名第126位；2017年全国排名第129位。以下是南通大学杏林学院历年排名整理表：
| 年份 | 排名 | 院校 | 星级 | 所在地 | 类型 | 办学类型 | 办学层次 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2019 | 142 | 南通大学杏林学院 | 2 | 江苏 | 综合 | 应用型 | 区域高水平独立学院 |
| 2018 | 140 | 南通大学杏林学院 | 2 | 江苏 | 应用型 | 区域高水平独立学院 | |
| 2017 | 127 | 南通大学杏林学院 | 1 | 江苏 | 综合 | 应用型 | 区域知名独立学院 |
| 2016 | 126 | 南通大学杏林学院 | 1 | 江苏 | 应用型 | 区域知名独立学院 | |
| 2015 | 129 | 南通大学杏林学院 | 1 | 江苏 | 综合 | 应用型 | 区域知名独立学院 |
若按金平果版独立学院排行榜看，南通大学杏林学院2018年全国排名第195位；2017年全国排名第103位；2016年全国排名第160位；2017年全国排名第211位；全国排名第234位。以下是南通大学杏林学院历年排名整理表：
| 年份 | 排名 | 院校 | 所在地 | 省排名 |
|---|---|---|---|---|
| 2018 | 195 | 南通大学杏林学院 | 江苏 | 19 |
| 2017 | 103 | 南通大学杏林学院 | 江苏 | 8 |
| 2016 | 160 | 南通大学杏林学院 | 江苏 | 10 |
| 2015 | 211 | 南通大学杏林学院 | 江苏 | 18 |
| 2014 | 234 | 南通大学杏林学院 | 江苏 | 23 |
