若按校友会版大学排行榜看，吉林农业科技学院2019年全国排名第625位；2018年全国排名第570位；2017年全国排名第598位；2016年全国排名第620位；2017年全国排名第601位；全国排名第617位；2013年全国排名第546位；2010年全国排名第542位。以下是吉林农业科技学院历年排名整理表：
| 年份 | 排名 | 院校 | 星级 | 所在地 | 类型 | 办学类型 | 办学层次 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2019 | 625 | 吉林农业科技学院 | 2 | 吉林 | 农林 | 区域高水平大学 | |
| 2018 | 570 | 吉林农业科技学院 | 1 | 吉林 | 农林 | 应用型 | 区域知名大学 |
| 2017 | 598 | 吉林农业科技学院 | 1 | 吉林 | 农林 | 应用型 | 区域知名大学 |
| 2016 | 620 | 吉林农业科技学院 | 1 | 吉林 | 农林 | 应用型 | 区域知名大学 |
| 2015 | 601 | 吉林农业科技学院 | 1 | 吉林 | 农林 | 应用型 | 区域知名大学 |
| 2014 | 617 | 吉林农业科技学院 | 吉林 | 农林 | 应用型 | ||
| 2013 | 546 | 吉林农业科技学院 | 吉林 | 农林 | |||
| 2010 | 542 | 吉林农业科技学院 | 吉林 | 农林 |
若按金平果版本科院校排行榜看，吉林农业科技学院2017年全国排名第778位；2016年全国排名第790位；2017年全国排名第747位。以下是吉林农业科技学院历年排名整理表：
| 年份 | 排名 | 院校 | 所在地 | 省排名 |
|---|---|---|---|---|
| 2017 | 778 | 吉林农业科技学院 | 吉林 | 27 |
| 2016 | 790 | 吉林农业科技学院 | 吉林 | 27 |
| 2015 | 747 | 吉林农业科技学院 | 吉林 | 26 |
