武汉生物工程学院2017年在全国民办本科院校排名第55位，本省民办本科大学排名第9位，本排名数据来源自中国校友会的2017年中国最佳大学排行榜。下面为武汉生物工程学院历年排名曲线图和表格，以及湖北所有民办本科大学排行榜数据。
| 武汉生物工程学院历年排名表 | |||||
| 年度 | 全国排名 | 省内排名 | 分类 | 分类排名 | 总分 |
| 2016 | 55 | 9 | 理工 | 15 | 94.15 |
| 2015 | 47 | 7 | 理工 | 12 | 92.83 |
| 2014 | 36 | 4 | 理工 | 6 | 93.23 |
| 2013 | 24 | 4 | 理工 | 5 | 96.52 |
| 2012 | 34 | 4 | 理工 | 6 | 93.42 |
| 本省排名 | 学校名称 | 城市 | 全国排名 | 总分 | 星级 |
| 1 | 武昌首义学院 | 武汉市 | 1 | 100.00 | 5星级 |
| 2 | 文华学院 | 武汉市 | 2 | 99.81 | 5星级 |
| 3 | 武汉工商学院 | 武汉市 | 20 | 97.83 | 4星级 |
| 4 | 武汉东湖学院 | 武汉市 | 21 | 97.77 | 4星级 |
| 5 | 武昌理工学院 | 武汉市 | 22 | 97.51 | 4星级 |
| 6 | 武汉学院 | 武汉市 | 27 | 96.69 | 4星级 |
| 7 | 汉口学院 | 武汉市 | 29 | 96.46 | 4星级 |
| 8 | 武汉工程科技学院 | 武汉市 | 39 | 95.62 | 4星级 |
| 9 | 武汉生物工程学院 | 武汉市 | 55 | 94.15 | 3星级 |
| 10 | 武昌工学院 | 武汉市 | 70 | 90.83 | 2星级 |
| 11 | 湖北商贸学院 | 武汉市 | 83 | 87.57 | 2星级 |
| 12 | 武汉设计工程学院 | 武汉市 | 93 | 86.41 | 1星级 |
