院校专业组平行志愿投档是以院校专业组为基本投档单位，按照“考生分数优先、遵循志愿顺序”的原则进行投档和录取。
进行平行志愿投档时，先按考生投档成绩从高分到低分排序（当遇到多名考生成绩相同时，按照同分投档排序规则排序），再按排序从高分到低分依次投档到相应的院校专业组（先投分数较高、排序在前的考生）。
对某一位考生来说，其投档规则是：按照该考生填报的院校专业组志愿顺序依次检索投档，当计算机检索到考生填报的院校专业组志愿有计划余额，考生档案即可投到这个院校的该院校专业组；如没有出现符合投档条件的院校专业组，则不能投档；如果考生档案投档到某院校专业组后，因故被退出，将不再补投到该批次平行志愿的其他院校专业组。
院校专业组平行志愿投档是以院校专业组为投档单位，按照“分数优先、遵循志愿”的原则进行投档。平行志愿投档时，按考生投档分从高分到低分排序，依次检索考生所填院校专业组志愿。只要考生所填报的院校专业组志愿中被检索到符合投档条件的院校专业组，即向该院校专业组投档。
投档后，其他所填报的院校专业组无效。如没有出现符合投档条件的院校专业组，则不能投档。上述过程完成后，无论档案是否投出，均视为该考生已享受了本批次平行志愿投档机会。如果考生档案投档到某院校专业组后，因故被退出，将不再补投到该批次平行志愿的其他院校专业组。
投档录取时，总成绩相同的考生按以下规则排序投档。对于普通类专业类别，依次按考生语文数学两科之和、语文或数学单科最高成绩、外语单科成绩、首选科目单科成绩、再选科目单科最高成绩、再选科目单科次高成绩由高到低排序投档；如仍相同，比较考生志愿顺序，顺序在前者优先投档，志愿顺序相同则全部投档。对于艺术类、体育类专业类别的平行志愿投档录取，依次按考生文化成绩、语文数学两科之和、语文或数学单科最高成绩、外语单科成绩、首选科目单科成绩、再选科目单科最高成绩由高到低排序投档；如仍相同，比较考生志愿顺序，顺序在前者优先投档，志愿顺序相同则全部投档。
