一般地应该是独立学院比较好，原因是独立学院一般都是公办大学在引入企业或者其他渠道资金后创办起来的，学生在独立学院毕业后证书为该公办大学的证书，比民办大学证书社会认可度高。
独立院校好，独立学院含金量高。
首先独立学院的办学时间长，师资力量比较强，办学口碑比较好。
其次，独立学院的母体普遍是一本普通高校，教育资源雄厚。学科建设比较齐全，共用教学资源。学风比较好，学习氛围浓厚，管理规范严格。
第三，独立学院普遍设在省会城市，教学质量、科研水平、学校实力、就业升学情况，有较强的优势。
独立学院:是指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作，利用国国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校。民办学院，是指国家机构以外的社会组织或者个人，利用非国家财政性经费，面向社会依法举办的学校或其他教育机构。
区别一：含义
独立学院：指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作，属于公益性事业，是民办高等教育的重要组成部分，是利用非国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校。
且依法享有民办教育促进法等各项奖励与扶持政策，按照教育部要求，从2008年开始，独立学院录取的本科新生，在毕业时要统一授予独立学院的毕业证书和学士学位证书。属于民办性质。
民办院校：民办院校是指国家机构以外的社会组织或者个人，利用非国家财政性经费，面向社会依法举办的学校或其他教育机构。
区别二：办学主体
独立学院的举办方是普通高校与社会合作办学，因此独立学院一般是设在某个大学的名下。
例如：厦门大学嘉庚学院，可能和挂名的大学同在一个校园，也可能有师资等方面的共享和交流。
不过独立学院依然实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历证书，独立进行财务核算，具有独立法人资格，能独立承担民事责。
民办院校则有自己的校名，自己组织机构，自己的师资，自己的校园，自己独立颁发毕业证书。
区别三：办学层次
独立学院是指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合伙创立，因此独立学院一定是本科，而民办高校中专本科都有。
区别四：学历证书
独立学院和民办院校的的毕业生都可以获得获国家承认的学历证书，毕业证书可以在中国高等教育学生信息网上查询。
但独立学院毕业证书上加盖的是某某大学某某学院印章，而学校本部学生的毕业证书只盖有学校校名印章。例如厦门大学嘉庚学院的毕业证书加印的是“厦门大学嘉庚学院”的印章，区别于本部的“厦门大学”印章。
民办院校的毕业证加印的就是学校校名的印章。
2008年教育部颁布的“26号令”，对独立学院转设给予规范发展路径。
第一，转设为民办普通本科高校；
第二，合并继续举办独立学院；
第三，并入公办高校，或引入新的出资方迁址规范发展；
第四，由当地政府支持转为公办高校，转设后继续与政府合作；
第五，转为其他层次的民办学校或终止办学等。
一般，独立学院转民办院校是比较常规化的，比如保定理工学院的前身是中国地质大学长城学院；燕京理工学院的前身是北京化工大学北方学院，这也是独立学院以后发展的趋势。
也有个别独立学院转公办院校的，比如:浙江大学宁波理工学院、新疆大学科学技术学院将转为新疆理工学院.这两所独立学院成立初期是政府资本，非社会组织和个人。对于绝大部分独立学院转公办很难。
现在已经有部分实力较强的民办高校取得了硕士研究生招生资格，例如：北京城市学院、西京学院、吉林外国语大学、河北传媒学院、黑龙江东方学院等民办高校通过教育部审批，正式获得研究生招生资格。
还有一些独立学院的录取分数也超过了公办院校，例如：吉林动画学院、厦门大学嘉庚学院、集美大学诚毅学院等。
