平行志愿投档的规则是“分数优先、遵循志愿、一次投档、不再补档”。平行志愿投档具有三个特点，一是每一批次每一阶段院校录取时，高考总分高的考生先于总分较低的考生投档;二是每个考生的平行院校志愿是有先后顺序的，计算机投档时按考生填报的院校志愿顺序依次进行检索;三是平行志愿实行“多次模拟，一次投档”，不补充投档。
平行志愿的投档原则是志愿并列、位次优先、遵循志愿、一轮投档。举例说明：
甲考626分，乙考625分。甲填报的志愿顺序为：清华大学，北京大学，四川大学；乙填报的志愿顺序为：北京大学、清华大学、四川大学。志愿投档和学校录取的过程如下：
第一步，按照成绩从高到低，系统首先检索甲的ABC三个志愿。甲的第一志愿为清华大学，但如果清华大学已经录满，系统则进入检索第二志愿北京大学，假设北京大学还有最后一个名额，甲则按B志愿被北京大学录取。
系统投档完甲后，按照顺序检索到乙的志愿。乙的第一志愿是北京大学，但由于北京大学最后一个名额录取了甲，而清华大学也已招满，系统则进入检索第三个志愿，条件符合，乙被四川大学录取。
平行志愿是指考生所填报的若干个院校(专业组)志愿为平行关系。平行志愿投档原则是“分数优先、遵循志愿、一次投档、不再补档”，计算机先从最高分考生开始，从高分到低分依次检索和投档，当检索到某一考生时，遵循该考生所填报的志愿顺序检索，当符合投档条件时即被投档。具体来说：
一是分数优先。计算机投档系统先对平行志愿投档批次录取控制分数线上尚未被录取考生，按高考总成绩(含政策照顾)从高分到低分进行排序。
二是遵循志愿。计算机依次检索每位考生填报的平行志愿;若考生符合其中一所以上院校(专业组)的投档条件时，则将考生的档案投到平行志愿中序号在前的院校(专业组);若考生只符合其中一所院校(专业组)的投档条件，则将会被投档到该院校(专业组)。
三是一次投档、不再补档。按照计算机投档规则和程序，平行志愿各院校(专业组)同时进行一次性投档;若考生进档后，不符合院校录取要求又被退档，则不再投向该考生在该批次报考的其他平行志愿院校(专业组);如院校(专业组)因将不符合录取条件的考生退档后形成了余缺计划，只能等待参加征询志愿录取，不能再接收该平行志愿的第二次补充投档。同一批次平行志愿下一次性向全部院校(专业组)投档，不会二次补档。
由于平行志愿为一轮投档，如果投入高校被退回来以后这个考生就意味着没有机会再投档了，所以省级招办和高校采取了很多举措，比如说调减调档比例，由120%调减到110%到105%，甚至为100%，大大缩小退档比例了。虽然退档比例缩小了，但只要调档比例高出100%，还是有一些考生会被退出。许多高校出于保护考生的考虑规定只要服从专业调剂，则可不被退档。
平行志愿服从专业调剂对考生而言有利有弊，利即保护了考生不被退档，弊则是指可能被调剂到考生不感兴趣的专业中。因此，考生在选择平行志愿时，一定要结合自己的分数情况、目标院校的招生专业情况等谨慎选择是否服从专业调剂。
