南京中医药大学始建于1954年，是中国建校最早的高等中医药院校之一，是教育部和江苏省共建的国家“世界一流学科建设高校”，是教育部、江苏省人民政府与国家中医药管理局三方共建高校、江苏省重点建设高校、江苏省高水平大学建设高校，是世界一流中医药大学建设联盟、长三角医学教育联盟创始成员，是世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国首批博士和硕士学位授权单位、全国古籍重点保护单位、全国中医师资进修教育基地、国家建设高水平大学公派研究生项目实施高校、国家“特色重点学科项目”建设高校、国家“卓越医生（中医）教育培养计划”改革首批试点高校、国家级人才培养模式创新实验区、中国政府奖学金来华留学生接收院校。
文科专业：
| 中医学 |
| 中医学（妇产科学） |
| 中医儿科学 |
| 眼视光学 |
| 针灸推拿学 |
| 中医养生学 |
| 中医康复学 |
| 康复治疗学 |
| 国际经济与贸易 |
| 市场营销 |
| 公共管理类 |
| （公共事业管理（卫生事业管理）、劳动与社会保障） |
| 电子商务 |
| 公共管理类(中外合作办学) |
| 护理学 |
| 护理学（助产学） |
| 英语（只招英语考生） |
理科专业：
| 中西医临床医学 |
| 中医学（农村订单定向医学生免费培养计划） |
| 中医学（本博连读） |
| （中医拔尖创新人才培养模式改革9年制） |
| 中医学（本硕连读） |
| （中医拔尖创新人才培养模式改革5+3一体化） |
| 中医学 |
| 中医学（妇产科学） |
| 中医儿科学 |
| 眼视光学 |
| 针灸推拿学 |
| 中医养生学 |
| 中医康复学 |
| 康复治疗学 |
| 食品卫生与营养学 |
| 临床医学 |
| 生物技术 |
| 中药学(本博连读) |
| （中药学拔尖创新人才培养模式改革4+5一体化） |
| 中药学类 |
| （中药学、中药制药、中药资源与开发） |
| 药学类（药学、药物制剂） |
| 生物工程类(中外合作办学) |
| (生物制药(分子生物学-药物研制)) |
| 食品科学与工程类(中外合作办学) |
| (食品质量与安全) |
| 国际经济与贸易 |
| 市场营销 |
| 公共管理类 |
| （公共事业管理（卫生事业管理）、劳动与社会保障） |
| 信息管理与信息系统 |
| 健康服务与管理 |
| 药事管理 |
| 电子商务 |
| 公共管理类(中外合作办学) |
| 护理学 |
| 护理学（助产学） |
| 学院 | 专业名称 | 招生科类 | 学制 |
| 基础医学院 | 中西医临床医学 | 文理兼招 | 5 |
| （中医学院） | 中医学（农村订单定向医学生免费培养计划） | 文理兼招 | 5 |
| 整合医学学院 | 中医学（本博连读） | 理科 | 9 |
| （中医拔尖创新人才培养模式改革9年制） | |||
| 第一临床医学院 | 中医学（本硕连读） | 文理兼招 | 8 |
| （中医拔尖创新人才培养模式改革5+3一体化） | |||
| 中医学 | 文理兼招 | 5 | |
| 中医学（妇产科学） | 文理兼招 | 5 | |
| 中医儿科学 | 文理兼招 | 5 | |
| 眼视光学 | 文理兼招 | 4 | |
| 第二临床医学院 | 针灸推拿学 | 文理兼招 | 5 |
| 中医养生学 | 文理兼招 | 5 | |
| 中医康复学 | 文理兼招 | 5 | |
| 康复治疗学 | 文理兼招 | 4 | |
| 食品卫生与营养学 | 理科 | 4 | |
| 医学与生命科学学院 | 临床医学 | 理科 | 5 |
| 生物技术 | 理科 | 4 | |
| 药学院 | 中药学(本博连读) | 理科 | 4+5 |
| （中药学拔尖创新人才培养模式改革4+5一体化） | |||
| 中药学类 | 理科 | 4 | |
| （中药学、中药制药、中药资源与开发） | |||
| 药学类（药学、药物制剂） | 理科 | 4 | |
| 生物工程类(中外合作办学) | 理科 | 3+1 | |
| (生物制药(分子生物学-药物研制)) | |||
| 食品科学与工程类(中外合作办学) | 理科 | 3+1 | |
| (食品质量与安全) | |||
| 卫生经济管理学院 | 国际经济与贸易 | 文理兼招 | 4 |
| 市场营销 | 文理兼招 | 4 | |
| 公共管理类 | 文理兼招 | 4 | |
| （公共事业管理（卫生事业管理）、劳动与社会保障） | |||
| 信息管理与信息系统 | 理科 | 4 | |
| 健康服务与管理 | 文理兼招 | 4 | |
| 药事管理 | 理科 | 4 | |
| 电子商务 | 文理兼招 | 4 | |
| 公共管理类(中外合作办学) | 文理兼招 | 3+1 | |
| 护理学院 | 护理学 | 文理兼招 | 4 |
| 护理学（助产学） | 文理兼招 | 4 | |
| 外国语学院 | 英语（只招英语考生） | 文科 | 4 |
| 信息技术学院 | 计算机类 | 理科 | 4 |
| （计算机科学与技术、软件工程） | |||
| 医学信息工程 | 理科 | 4 | |
| 心理学院 | 应用心理学 | 文理兼招 | 4 |
