以下是南京医科大学招生信息网公布的各学院最新专业名单:
| 学制 专业 |
| 五年制预防医学 |
| 五年制医学影像学 |
| 五年制眼视光医学 |
| 五年制临床医学(儿科学) |
| 五年制临床医学 |
| 五年制临床药学 |
| 五年制口腔医学 |
| 五年制精神医学 |
| 五年制基础医学 |
| 五年制法医学 |
| 四年制应用统计学(生物统计学) |
| 四年制英语 |
| 四年制医学影像技术 |
| 四年制医学信息工程 |
| 四年制医学检验技术 |
| 四年制药学 |
| 四年制眼视光学 |
| 四年制卫生检验与检疫 |
| 四年制生物医学工程 |
| 四年制生物信息学 |
| 四年制康复治疗学 |
| 四年制护理学 |
| 四年制公共管理类专业 |
| 临床医学(儿科学)(5+3医) |
| 口腔医学(5+3医) |
