复旦大学最好的专业主要有哲学、理论经济学、政治学、中国史、数学、马克思主义理论、中国语言文学、新闻传播学等。
在此次学科评估中，复旦大学共有38个学科参评， 获批A类（A+、A、A-）学科23个，占参评学科数60.5%。
复旦大学A+学科5个，包括哲学、理论经济学、政治学、中国史、数学； A学科8个，包括马克思主义理论、中国语言文学、新闻传播学、物理学、化学、工商管理、临床医学、基础医学； A-学科10个，包括：应用经济学、社会学、外国语言文学、生物学、生态学、电子科学与技术、公共卫生与预防医学、公共管理、药学、中西医结合。
博士后科研流动站
哲学、理论经济学、应用经济学、政治学、中国语言文学、外国语言文学、新闻传播学、考古学、中国史、世界史、法学、社会学、马克思主义理论、数学、物理学、化学、生物学、生态学、统计学、力学、材料科学与工程、电子科学与技术、计算机科学与技术、软件工程、管理科学与工程、工商管理、材料科学与工程、环境科学与工程、生物医学工程、基础医学、公共卫生与预防医学、公共管理、药学、中西医结合、临床医学、护理学
国家重点学科
| 序 号 | 一级学科 | 二级学科 |
| 1 | 哲学 | 产业经济学 |
| 金融学 | ||
| 2 | 理论经济学 | 政治学理论 |
| 国际关系 | ||
| 3 | 中国语言文学 | 历史地理学 |
| 中国近现代史 | ||
| 4 | 新闻传播学 | 计算机软件与理论 |
| 内科学 | 心血管病 | |
| 5 | 数学 | 肾病 |
| 传染病 | ||
| 6 | 物理学 | 儿科学 |
| 神经病学 | ||
| 7 | 化学 | 影像医学与核医学 |
| 外科学 | ||
| 8 | 生物学 | 眼科学 |
| 耳鼻咽喉科学 | ||
| 9 | 电子科学与技术 | 肿瘤学 |
| 妇产科学 | ||
| 10 | 基础医学 | 流行病学与卫生统计学 |
| 药剂学 | ||
| 11 | 中西医结合 | 社会医学与卫生事业管理 |
复旦大学，简称“复旦”，位于中国上海，由中华人民共和国教育部直属，中央直管副部级建制，国家双一流（A类）、985工程、211工程建设高校，入选珠峰计划、111计划、2011计划、卓越医生教育培养计划、国家建设高水平大学公派研究生项目，九校联盟（C9）、中国大学校长联谊会、东亚研究型大学协会、环太平洋大学协会的重要成员，是一所世界知名、国内顶尖的全国重点大学。
