安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院。1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年，省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。
学校是国家中医临床研究基地、国家中药现代化科技产业（安徽）基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地，国家博士授权单位、硕士研究生推荐免试单位。现占地总面积1269.68亩，有少荃湖、梅山路、史河路、六安路四个校区。图书馆藏书201.55万册，古籍部珍藏古籍线装书3.3万册，是“全国古籍重点保护单位”。中药资源中心腊叶标本室储藏了15万份药用植物腊叶标本，是全国医药院校珍藏标本最丰富的标本室。新安医学文化中心是安徽省中医药文化宣传教育基地。
学校现有全日制在校生16091人（其中博士、硕士1503人），有17个二级院部（含3所直属附属医院），7所非直属附属医院。现有教职工4400人，其中副高以上职称人员759人。有国医大师2人，岐黄学者2人，全国名中医3人，国家名老中医学术经验项目指导教师26人，享受国务院特殊津贴28人、省政府特殊津贴15人，安徽省高校领军人才5人，安徽省学术与技术带头人、后备人才26人，博士生导师42人，硕士生导师579人。有来自国内外的63名知名专家学者担任学校客座教授。
学校现有27个本科专业，2个国家级一流本科专业建设点，5个省级一流专业建设点。有3个一级学科博士学位授予点，5个一级学科硕士学位授予点，26个二级学科硕士学位授予点，4个硕士专业学位授权点。有国内一流学科B类项目1个，安徽省高峰学科建设计划项目1个，安徽省学科建设重大项目2个，国家中医药管理局重点学科17个。有国家临床重点专科7个，国家中医药管理局重点专科21个。
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