在校本科生将可以通过三次自选专业的机会和个性化培养方案，实现百分之百自主选择专业。据悉，如此大的自由度在国内重点高校中尚属首次。根据中科大的政策，本科生进校后至少有三次自选专业的机会：进校一年后，学生根据兴趣在全校范围内自选学院或学科； 二年级春季学期可申请学校统一组织的中期分流； 二年级及更高年级每学期均可个别申请转专业。
申请转专业的学生如因成绩、面试等原因未能如愿，但不愿放弃，中科大学生学业指导中心的专家将“一对一”指导，为其制订个性化学习计划和课程研修方案，帮助其修完意向专业学分、达到毕业要求，获得该专业的毕业证书和学位证书。据介绍，为支持学生根据自己的志趣选择专业，中科大在招生口径、学籍管理、专业指导、课程设置等方面进行了一系列配套改革。如修订课程体系，使全校大部分专业的低年级课程以夯实数理基础为主，大三才开始安排专业课，“使学生有充分的时间和空间，探索自己未来要走的路。”
